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Relevé dans le rapport de certification des comptes du régime général de la sécurité sociale pour l’exercice 2009 (émis par la Cour des comptes en juin 2010) :

Le risque de non-rapprochement des paiements avec les pièces justificatives
Afin d’obtenir une assurance raisonnable de maîtrise des risques financiers, les CPAM doivent rapprocher les pièces justificatives propres aux soins de ville (pharmaciens, infirmiers, masseurs-kinésithérapeutes…) et les flux de remboursement. Or ces contrôles, élaborés à l’origine pour des documents sous format papier, ont dû être adaptés à la dématérialisation progressive des feuilles de soins (85 % des flux), qui ne s’est pas accompagnée de celle des pièces justificatives (ordonnance, ententes préalables…).
En effet, les pièces justificatives arrivent dans les caisses après réception des flux dématérialisés de prestations, voire après paiement, notamment pour les prestations soumises à des délais de remboursement conventionnels réduits. Il est donc impératif que les caisses soient en mesure de rapprocher a posteriori les flux télétransmis déjà remboursés et les pièces justificatives correspondantes. Pour les aider dans cette tâche, la CNAMTS a développé des outils, notamment l’application « FLUX TIERS » qui permet de rapprocher des lots d’actes mis en paiement et des lots de pièces justificatives. La dématérialisation envisagée des pièces justificatives serait de nature à faciliter de tels rapprochements.

Le PCSAC prescrit au surplus aux comptables des caisses de procéder à des contrôles périodiques et par sondages visant à vérifier la présence et la conformité des pièces justificatives en complément des contrôles décrits ci-dessus relevant des ordonnateurs.
L’audit a montré que ces dispositifs de contrôle à deux niveaux n’apportent pas dans tous les cas l’assurance d’un rapprochement entre règlements et pièces justificatives.
Ainsi, s’agissant des prestations exécutées par les masseurskinésithérapeutes (dont le montant total atteint 2,3 Md€ pour la branche maladie et 143 M€ pour la branche AT-MP), les caisses n’ont pas eu, pour une grande part des flux, la possibilité matérielle d’effectuer les rapprochements nécessaires. En effet, la convention conclue le 3 avril 2007 entre l’assurance maladie et la profession ne prévoit pas une obligation d’envoi de toutes les ordonnances à la caisse appropriée, ni de mention du NIR de l’assuré sur celles des ordonnances qui sont transmises- ce qui a rendu encore plus difficiles, courant 2009, les opérations de rapprochement.

>source Cour des comptes